Sau đó Mộ Dung Thùy xưng là hoàng đế, Mộ Dung Bảo trở thành thái tử. Khi là thái tử, Mộ Dung Bảo miệt mài tự học, đôn sùng Nho học, giỏi đàm luận, giỏi thuộc văn, xử lý tốt quan hệ với tả hữu tiểu thần của Mộ Dung Thùy. Ông được các triều sĩ khen ngợi, Mộ Dung Thùy do vậy xem ông có thể bảo toàn gia nghiệp, hết sức xem trọng.[5] (Tuy nhiên Mộ Dung Thùy vẫn chuộng khả năng quân sự của các con trai khác là Mộ Dung Nông, Mộ Dung Long và Mộ Dung Lân.) Khi Hoàng hậu Đoàn Nguyên Phi nhắc nhở Mộ Dung Thùy rằng Mộ Dung Bảo có tư chất ung dung, mềm yếu không quyết đoán, không phải là người mạnh mẽ để tế thế, và rằng Mộ Dung Nông và Mộ Dung Long sẽ là những người kế vị thích hợp hơn, tuy nhiên Mộ Dung Thùy không nghe theo và nói rằng mình không phải là Tấn Hiến công.[4][c 1] Mộ Dung Bảo thường được giao trọng trách trấn thủ kinh thành Trung Sơn[c 2] trong lúc phụ hoàng thân chinh. Ngày Ất Hợi tháng 3 năm Mậu Tý (7 tháng 5 năm 388), Mộ Dung Thùy chuyển giao phần lớn quyền lực cho Mộ Dung Bảo, chỉ giữ lại quyền quyết định những vấn đề quan trọng nhất. Sau đó, Mộ Dung Thùy lại cho Mộ Dung Bảo lĩnh tước "Đại thiền vu".[6]

Năm 391, Quốc vương Bắc Ngụy là Thác Bạt Khuê khiển kì đệ Thác Bạt Cô (拓拔觚) đi nộp triều cống cho Hậu Yên. Theo sử sách, tử đệ của Mộ Dung Thùy bắt giam Thác Bạt Cô và yêu cầu Thác Bạt Khuê chuộc bằng cách cung cấp ngựa tốt. Thác Bạt Khuê từ chối, tuyệt giao quan hệ với Hậu Yên. Thác Bạt Cô chạy trốn song bị Mộ Dung Bảo đuổi theo bắt giữ.Thác Bạt Khuê quay sang liên minh với Tây Yên, và sau đó, ngay cả khi Tây Yên bị Hậu Yên tiêu diệt vào năm 393, ông ta vẫn tiếp tục quấy nhiễu vùng biên của Hậu Yên.[7]

Tháng 5 năm Ất Mùi (395), Mộ Dung Thùy khiển Mộ Dung Bảo cùng với Mộ Dung Nông và Mộ Dung Lân dẫn 8 vạn quân đi chinh phạt Bắc Ngụy. Thác Bạt Khuê khi nghe tin về đội quân của Mộ Dung Bảo thì bỏ kinh thành Thịnh Lạc[c 3] và rút lui về Hà Tây (phía tây Hoàng Hà). Tháng 9 ÂL, quân của Mộ Dung Bảo nhanh chóng tiến đến Hoàng Hà vào mùa thu năm 395 và chuẩn bị vượt sông bằng thuyền, song trời chợt nổi gió, thổi vài chục thuyền sang bờ nam sông. Bắc Ngụy bắt được hơn ba trăm giáp sĩ song chỉ cởi áo giáp và thả ra. Quân Bắc Ngụy cắt đứt được đường thông tin liên lạc giữa quân của Mộ Dung Bảo và kinh thành Trung Sơn của Hậu Yên, bắt hết sứ giả, mấy tháng mà Mộ Dung Bảo không có tin tức về việc Mộ Dung Thùy đã khỏi bệnh. Thác Bạt Khuê cho sứ giả Hậu Yên bị bắt đến bờ sông nói rằng Mộ Dung Thùy đã mất, Mộ Dung Bảo và những người khác đau buồn và sợ hãi, sĩ tốt Hậu Yên náo loạn. Thuật sĩ Cận An nói với Mộ Dung Bảo rằng thiên thời bất lợi nên cần nhanh chóng quay về để tránh thất bại, song Mộ Dung Bảo không nghe theo. Quân Hậu Yên và Bắc Ngụy lâm vào thế bí trong suốt hơn hai tuần, tức hơn 20 ngày, những người ủng hộ Mộ Dung Lân muốn làm phản để đưa Mộ Dung Lân trở thành hoàng đế song đã thất bại. Đến ngày Tân Mùi (25) tháng 10 (23 tháng 11), Mộ Dung Bảo đốt thuyền, nhân đêm tối rồi rút lui. Đương thời, băng trên Hoàng Hà chưa kết, Mộ Dung Bảo cho rằng quân Bắc Ngụy không thể vượt được sông nên không cho dò xét tình hình quân địch. Ngày Kỉ Mão (3) tháng 11 (1 tháng 12), có bão, Hoàng Hà đóng băng, Thác Bạt Khuê dẫn quân Bắc Ngụy vượt sông truy kích. Ngày Ất Dậu (9) (7 tháng 12), quân Ngụy đến được phía tây Tham Hợp pha, đến ngày Bính Tuất (8 tháng 12) thì giao chiến với quân Hậu Yên, gần như toàn bộ quân Hậu Yên bị bắt hoặc giết, chỉ có Mộ Dung Bảo cũng một số tướng lĩnh là có thể chạy thoát. Thác Bạt Khuê sau đó đã cho tàn sát tất cả tù binh Hậu Yên.[2]

Do lo rằng Bắc Ngụy sau đó sẽ xem nhẹ Mộ Dung Bảo, đầu năm sau Mộ Dung Thùy đích thân dẫn quân đi đánh Bắc Ngụy và giành được thành công bước đầu và giết được đường đệ của Thác Bạt Khuê là Thác Bạt Kiền. Tuy nhiên, khi quân Hậu Yên đi đến Tham Hợp pha, thấy xương chất như núi, binh sĩ Hậu Yên gào khóc thảm thiết, Mộ Dung Thùy giận dữ rồi lâm bệnh, quân Hậu Yên lại phải rút về Trung Sơn. Mộ Dung Bảo chết trên đường về kinh. Ngày Nhâm Dần (29) tháng 4 (21 tháng 6), Mộ Dung Bảo tức hoàng đế vị, đại xá, cải nguyên Vĩnh Khang.[2]